| MirGeneDB ID | Bfl-Mir-12489-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12489 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bfl-Mir-12489-P2 Bfl-Mir-12489-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bla-Mir-12489-P1a Bla-Mir-12489-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049990.1: 15555062-15555121 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12489-P1) |
Mir-12489-P3
NC_049990.1: 15553768-15553827 [-]
UCSC
Mir-12489-P2 NC_049990.1: 15554360-15554418 [-] UCSC Mir-12489-P1 NC_049990.1: 15555062-15555121 [-] UCSC |
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| Seed | GAGCCUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACCGUCUAACAUUUUCCCUGCCUCUGGGCUCAGUGGUCGGUUGAGACUCGCGUGUUUUUGUGACAUCACGAGCCUCGACUAACCACUGCUCCCAGGGGUGGGCUGAACGACUGGACACCGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACCGUCUAACAUUUUCC--|UG CU CG A CGUGUUUU C CCUCUGGG CAGUGGU GUUGAG CUCG U G GGGGACCC GUCACCA CAGCUC GAGC G GCCACAGGUCAGCAAGUCG^GU UC AU C ACUACAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Bfl-Mir-12489-P1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGUGGUCGGUUGAGACUCGCG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Bfl-Mir-12489-P1_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CGAGCCUCGACUAACCACUGCU -60
Get sequence
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