| MirGeneDB ID | Bfl-Mir-12489-P2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12489 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bfl-Mir-12489-P1 Bfl-Mir-12489-P3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bla-Mir-12489-P2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Branchiostoma | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Branchiostoma | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049990.1: 15554360-15554418 [-] UCSC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12489-P2) |
Mir-12489-P3
NC_049990.1: 15553768-15553827 [-]
UCSC
Mir-12489-P2 NC_049990.1: 15554360-15554418 [-] UCSC Mir-12489-P1 NC_049990.1: 15555062-15555121 [-] UCSC |
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| Seed | AGUGGUC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAGGAUCUGAUCUAGAGGACCGUAAGGACCAGUGGUCCCACCGUGGCUCGUGAACUCUGGAUACCGAGCCUACGGCUGGACCUCUAGUCAUUGGGUUCUCCUGUGCUACUAUUUAAACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAAGGAUCUGAUCUAGA---| G G C U CA - UGAACU GGACC UAA GAC AG GGUCC CCGU GGCUCG C CUUGG GUU CUG UC CCAGG GGCA CCGAGC U CAAAUUUAUCAUCGUGUCCU^ - A A U UC U CAUAGG 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Bfl-Mir-12489-P2_5p (predicted) |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGUGGUCCCACCGUGGCUCG -21
Get sequence
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| Co-mature sequence | Bfl-Mir-12489-P2_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AGCCUACGGCUGGACCUCUAGU -59
Get sequence
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