MirGeneDB ID | Bfl-Let-7-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bfl-let-7a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bfl-Let-7-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Bge-Let-7 Bla-Let-7-P3 Bpl-Let-7 Cgi-Let-7 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dpu-Let-7 Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Hme-Let-7 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lgi-Let-7 Npo-Let-7 Obi-Let-7 Ovu-Let-7 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Sko-Let-7 Spu-Let-7 Tca-Let-7 Xbo-Let-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049979.1: 15364081-15364147 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P3) |
Mir-10-P2-v1
NC_049979.1: 15363827-15363883 [+]
UCSC
Mir-10-P2-v2 NC_049979.1: 15363828-15363882 [+] UCSC Let-7-P3 NC_049979.1: 15364081-15364147 [+] UCSC Mir-10-P3 NC_049979.1: 15365561-15365616 [+] UCSC Let-7-P4 NC_049979.1: 15365859-15365925 [+] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAUCGGCUUGACUUCUGUAUGGCCCUGAGGUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUUCAGAAGUACAACAUUGGAGAUGACUGUACAACCCGUUACCUUUUUUCGGGUCAUACCACGCUUCUGGACCUCUUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CAUCGGCUUGACUUCUG---| U U UA CAGAAGUACA UAUGGCCC GAGG GAGGUAG GGUUGUAUAGUU \ AUACUGGG CUUU UUCCAUU CCAACAUGUCAG A GUUCUCCAGGUCUUCGCACC^ - U GC UAGAGGUUAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Bfl-Let-7-P3_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0009462 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Bfl-Let-7-P3_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0019176 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
45- CUGUACAACCCGUUACCUUUUU -67
Get sequence
|