MirGeneDB ID | Ava-Mir-8-P17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-8 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Bdelloid rotifer (Adineta vaga) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ava-Mir-8-P16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-8 Aga-Mir-8 Agr-Mir-8 Asu-Mir-8 Bge-Mir-8 Bko-Mir-8 Bpl-Mir-8 Cbr-Mir-8 Cel-Mir-8 Csc-Mir-8 Cte-Mir-8 Dan-Mir-8 Dgr-Mir-8 Dlo-Mir-8 Dma-Mir-8 Dme-Mir-8 Dmo-Mir-8 Dpu-Mir-8 Dsi-Mir-8 Dya-Mir-8 Eba-Mir-8 Egr-Mir-8 Esc-Mir-8 Gpa-Mir-8 Gsa-Mir-8 Hme-Mir-8 Hru-Mir-8 Isc-Mir-8 Lan-Mir-8 Lgi-Mir-8 Lhy-Mir-8 Llo-Mir-8 Mgi-Mir-8 Mom-Mir-8 Npo-Mir-8 Obi-Mir-8 Ofu-Mir-8 Ovu-Mir-8 Pau-Mir-8 Pca-Mir-8 Pdu-Mir-8 Pfl-Mir-8 Pmi-Mir-8 Pve-Mir-8 Rph-Mir-8 Sko-Mir-8 Sma-Mir-8 Snu-Mir-8 Spu-Mir-8 Tca-Mir-8 Tur-Mir-8 War-Mir-8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | A. vaga | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_021613535.1_ASM2161353v1_AVA) |
CP075495.1: 9063692-9063754 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAUACUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUUCUUUGUACUAUAGAGCAACUAAAUGUCAUCUUACUAUACAGCAUUAGUUCGAAAAUCAAGAAUUGCUAAUACUGUCAGGUAAAGAUGGCCUACGGACGCUCAUUCGACGAUUGUAAACAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 UCUUCUUUGUACUAUAG-- AA AAAU -| AU C UCGAAAA AGC CU GUCAUC UUACU ACAG AUUAGU U UCG GG CGGUAG AAUGG UGUC UAAUCG C ACAAAUGUUAGCAGCUUAC CA CAUC A^ AC A UUAAGAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Ava-Mir-8-P17_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAUCUUACUAUACAGCAUUAGU -22
Get sequence
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Mature sequence | Ava-Mir-8-P17_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UAAUACUGUCAGGUAAAGAUGGC -63
Get sequence
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