| MirGeneDB ID | War-Mir-2-o93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Wirenia (Solenogaster) (Wirenia argentea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | War-Mir-2-o94 War-Mir-2-o95 War-Mir-2-o96 War-Mir-2-o97 War-Mir-2-o98 War-Mir-2-o99 War-Mir-2-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | W. argentea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_025802215.1_ASM2580221v1_Wirenia) |
WNLI01003363.1: 15447-15507 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-o93) |
Mir-71
WNLI01003363.1: 14091-14149 [+]
Ensembl
Mir-2-o93 WNLI01003363.1: 15447-15507 [+] Ensembl Mir-2-P12 WNLI01003363.1: 16105-16164 [+] Ensembl Mir-2-o94 WNLI01003363.1: 16422-16484 [+] Ensembl Mir-2-o95 WNLI01003363.1: 17073-17130 [+] Ensembl Mir-2-o96 WNLI01003363.1: 17457-17517 [+] Ensembl Mir-2-o97 WNLI01003363.1: 17735-17794 [+] Ensembl |
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| Seed | CACAGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCGAUUGACCAAGAAAAGCACACGUCAAAGCCCGUCAAAAUCGGUCUGUCAUAGUAACAUCUCGGCCUAUCACAGCCAGUUUUGAUGAGCCAGGAUGUGUUGCGCAUCAACAGAAAUCUACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCGAUUGACCAAGAAAA- -| AAA C C U C GUAACA GC ACACGUC GC CGUCAAAAU GG CUGU AUA U CG UGUGUAG CG GUAGUUUUG CC GACA UAU C CAUCUAAAGACAACUACG U^ GAC A A - C CCGGCU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-2 genes were present in the last common ancestor of protostomes and how the multiple paralogues in lophotrochozoans relate to the four Mir-2 genes in arthropods. Thus all lophotrochozoan genes aside from Mir-2-P12 are classified as orphans pending further data and analysis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | War-Mir-2-o93_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCGUCAAAAUCGGUCUGUCAUA -23
Get sequence
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| Mature sequence | War-Mir-2-o93_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UCACAGCCAGUUUUGAUGAGCC -61
Get sequence
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