| MirGeneDB ID | Tca-Mir-3821 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-3821 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tca-mir-3821 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tca-Mir-3821-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tcas5.2) |
LGX: 6586315-6586372 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3821-v2) |
Mir-3809
LGX: 6585862-6585919 [+]
Ensembl
Mir-3825 LGX: 6586009-6586065 [+] Ensembl Mir-3821-v2 LGX: 6586315-6586372 [+] Ensembl Mir-3821-v1 LGX: 6586315-6586372 [+] Ensembl Mir-11635 LGX: 6586742-6586801 [+] Ensembl Mir-3820 LGX: 6587625-6587682 [+] Ensembl Mir-3814 LGX: 6587955-6588013 [+] Ensembl Mir-11636 LGX: 6593233-6593288 [+] Ensembl Mir-3822 LGX: 6594368-6594426 [+] Ensembl Mir-3816-v1 LGX: 6594971-6595029 [+] Ensembl Mir-3816-v2 LGX: 6594971-6595029 [+] Ensembl Mir-3811-P6 LGX: 6595867-6595926 [+] Ensembl Mir-3811-P1 LGX: 6596442-6596505 [+] Ensembl Mir-3811-P2b LGX: 6597098-6597161 [+] Ensembl Mir-3811-P2a LGX: 6597433-6597496 [+] Ensembl Mir-3811-P3 LGX: 6597762-6597824 [+] Ensembl Mir-3811-P4 LGX: 6598335-6598398 [+] Ensembl Mir-3811-P5 LGX: 6598547-6598608 [+] Ensembl Mir-3824 LGX: 6600300-6600356 [+] Ensembl |
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| Variant | Tca-Mir-3821-v2 |
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| Seed | UUUCUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUGGAAAAAUAAAUGUAUGUGUUGCAAUUUAGCAUCCUCCUCUUAGGAAUUUUAUAUUUGAGAAAUUUCUAGUGAGUGAGGAUGUUAAUUUUUGGCACAAAUCAUCGUCAGACUUUUUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50
AUGGAAAAAUAAAUGUA-- C U - -| UAUA
UGUGUUG AA UUAGCAUCCUC CUC UUAGGAAUUU U
ACACGGU UU AAUUGUAGGAG GAG GAUCUUUAAA U
UUUUUCAGACUGCUACUAA U U U U^ GAGU
110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Tca-Mir-3821-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0018668 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCAUCCUCCUCUUAGGAAUUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Tca-Mir-3821-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0018669 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- AUUUCUAGUGAGUGAGGAUGUUAA -58
Get sequence
|
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| Variant | Tca-Mir-3821-v1 |
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| Seed | UUCUAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUGGAAAAAUAAAUGUAUGUGUUGCAAUUUAGCAUCCUCCUCUUAGGAAUUUUAUAUUUGAGAAAUUUCUAGUGAGUGAGGAUGUUAAUUUUUGGCACAAAUCAUCGUCAGACUUUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50
AUGGAAAAAUAAAUGUA-- C U - -| UUAUA
UGUGUUG AA UUAGCAUCCUC CUC UUAGGAAUU U
ACACGGU UU AAUUGUAGGAG GAG GAUCUUUAA U
UUUUUCAGACUGCUACUAA U U U U^ AGAGU
110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tca-Mir-3821-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0018668 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCAUCCUCCUCUUAGGAAUU -21
Get sequence
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Tca-Mir-3821-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0018669 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UUUCUAGUGAGUGAGGAUGUUAA -58
Get sequence
|
