| MirGeneDB ID | Tca-Mir-3816 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-3816 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tca-mir-3816 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tca-Mir-3816-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tcas5.2) |
LGX: 6594971-6595029 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3816-v2) |
Mir-3809
LGX: 6585862-6585919 [+]
Ensembl
Mir-3825 LGX: 6586009-6586065 [+] Ensembl Mir-3821-v2 LGX: 6586315-6586372 [+] Ensembl Mir-3821-v1 LGX: 6586315-6586372 [+] Ensembl Mir-11635 LGX: 6586742-6586801 [+] Ensembl Mir-3820 LGX: 6587625-6587682 [+] Ensembl Mir-3814 LGX: 6587955-6588013 [+] Ensembl Mir-11636 LGX: 6593233-6593288 [+] Ensembl Mir-3822 LGX: 6594368-6594426 [+] Ensembl Mir-3816-v1 LGX: 6594971-6595029 [+] Ensembl Mir-3816-v2 LGX: 6594971-6595029 [+] Ensembl Mir-3811-P6 LGX: 6595867-6595926 [+] Ensembl Mir-3811-P1 LGX: 6596442-6596505 [+] Ensembl Mir-3811-P2b LGX: 6597098-6597161 [+] Ensembl Mir-3811-P2a LGX: 6597433-6597496 [+] Ensembl Mir-3811-P3 LGX: 6597762-6597824 [+] Ensembl Mir-3811-P4 LGX: 6598335-6598398 [+] Ensembl Mir-3811-P5 LGX: 6598547-6598608 [+] Ensembl Mir-3824 LGX: 6600300-6600356 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Tca-Mir-3816-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GCUGCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGAGCUGGGCAAAUUUAUUGUGGCCGGUUACAAGGCAUGUUUGGCAGCAAUUAGCUUUUGUAAUAUUGCUGCCAUUCAUACCUUACAAUUGGUCUCAGUGUUUCCAACACCGAUAAACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UUGAGCUGGGCAAAUUU--| U AC C UU UAGCUU AUUG GGCCGGUU AAGG AUG UGGCAGCAAU \ UGAC CUGGUUAA UUCC UAC ACCGUCGUUA U CAAAUAGCCACAACCUUUG^ U CA A UU UAAUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Tca-Mir-3816-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0018656 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACAAGGCAUGUUUGGCAGCAAU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Tca-Mir-3816-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0018657 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UGCUGCCAUUCAUACCUUACAA -59
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Tca-Mir-3816-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGCUGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGAGCUGGGCAAAUUUAUUGUGGCCGGUUACAAGGCAUGUUUGGCAGCAAUUAGCUUUUGUAAUAUUGCUGCCAUUCAUACCUUACAAUUGGUCUCAGUGUUUCCAACACCGAUAAACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UUGAGCUGGGCAAAUUU--| U AC C UU UAGCUU AUUG GGCCGGUU AAGG AUG UGGCAGCAAU \ UGAC CUGGUUAA UUCC UAC ACCGUCGUUA U CAAAUAGCCACAACCUUUG^ U CA A UU UAAUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Tca-Mir-3816-v1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0018656 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACAAGGCAUGUUUGGCAGCAAUU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Tca-Mir-3816-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0018657 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UUGCUGCCAUUCAUACCUUACAA -59
Get sequence
|
