| MirGeneDB ID | Snu-Mir-2-o40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Peanut worm (Sipunculus nudus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Snu-Mir-2-o41 Snu-Mir-2-o42-v1 Snu-Mir-2-o43 Snu-Mir-2-o44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | S. nudus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_026874595.1_ASM2687459v1_Sipunculus_nudus) |
CM049316.1: 13593316-13593374 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-o40-v1) |
Mir-71
CM049316.1: 13592864-13592924 [+]
Mir-2-o40-v2 CM049316.1: 13593314-13593376 [+] Mir-2-o40-v1 CM049316.1: 13593316-13593374 [+] Mir-2-o41 CM049316.1: 13593873-13593932 [+] Mir-2-o42-v2 CM049316.1: 13594489-13594550 [+] Mir-2-o42-v1 CM049316.1: 13594492-13594547 [+] Mir-2-o43 CM049316.1: 13595017-13595073 [+] Mir-2-o44 CM049316.1: 13596008-13596064 [+] |
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| Variant | Snu-Mir-2-o40-v1 |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAUGCUCCGCUAAGUUAUGGUGUGCCUGGGCGUCAAUGCUGGAUGUAGUAGUCAAUGAUGGAAGUUCUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCCAGGACAACCUGUCAGCAUCACCGGCAUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAUGCUCCGCUAAGUUAU- GUG G-| U A A UCAAUGA GGU CCUGG CGUCAA GCUGG UGU GUAG \ CCA GGACC GUAGUU CGACC ACA UAUC U CUACGGCCACUACGACUGU ACA GA^ U G C UUGAAGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Snu-Mir-2-o40-v1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGUCAAUGCUGGAUGUAGUAGU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Snu-Mir-2-o40-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAUCACAGCCAGCUUUGAUGAG -59
Get sequence
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| Variant | Snu-Mir-2-o40-v2 |
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| Seed | CACAGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGAAUGCUCCGCUAAGUUAUGGUGUGCCUGGGCGUCAAUGCUGGAUGUAGUAGUCAAUGAUGGAAGUUCUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCCAGGACAACCUGUCAGCAUCACCGGCAUCAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGAAUGCUCCGCUAAGUUAU- GUG G-| U A A GUCAAUGA GGU CCUGG CGUCAA GCUGG UGU GUA \ CCA GGACC GUAGUU CGACC ACA UAU U GACUACGGCCACUACGACUGU ACA GA^ U G C CUUGAAGG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-2 genes were present in the last common ancestor of protostomes and how the multiple paralogues in lophotrochozoans relate to the four Mir-2 genes in arthropods. Thus all lophotrochozoan genes aside from Mir-2-P12 are classified as orphans pending further data and analysis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Snu-Mir-2-o40-v2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGCGUCAAUGCUGGAUGUAGUA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Snu-Mir-2-o40-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UCACAGCCAGCUUUGAUGAGCC -63
Get sequence
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