| MirGeneDB ID | Sko-Mir-4828-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-4828 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Saccoglossus (Saccoglossus kowalevskii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sko-Mir-4828-P1 Sko-Mir-4828-P2 Sko-Mir-4828-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Pfl-Mir-4828-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Skow_1.1) |
NW_003123408.1: 368417-368477 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4828-P4) |
Mir-4828-P4
NW_003123408.1: 368417-368477 [-]
Mir-4828-P3 NW_003123408.1: 368589-368648 [-] Mir-4828-P2 NW_003123408.1: 368810-368871 [-] Mir-4828-P1 NW_003123408.1: 368928-368991 [-] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUAAAUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACAAGUUUGCUGUGAAGACUACUUACACUCCAGUCUCAAUGUGUAUUUUCAUCUGUACUCUGUUAAUACAGUAAAUACCAUUGAGAUUGCAGAGUCUGUGGUCGCCAUUCAACGAUGAAUCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACAAGUUUGCUGUGAAG--| UU A C U UCAUCUGUACU ACUAC AC CU CAGUCUCAAUG GUAUUU C UGGUG UG GA GUUAGAGUUAC CAUAAA U CUAAGUAGCAACUUACCGC^ UC A C - UGACAUAAUUG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Sko-Mir-4828-P4_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGUCUCAAUGUGUAUUUUCAUC -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Sko-Mir-4828-P4_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AGUAAAUACCAUUGAGAUUGCA -61
Get sequence
|
