| MirGeneDB ID | Sko-Mir-4828-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-4828 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Saccoglossus (Saccoglossus kowalevskii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sko-Mir-4828-P1 Sko-Mir-4828-P3 Sko-Mir-4828-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Pfl-Mir-4828-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Skow_1.1) |
NW_003123408.1: 368810-368871 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4828-P2) |
Mir-4828-P4
NW_003123408.1: 368417-368477 [-]
Mir-4828-P3 NW_003123408.1: 368589-368648 [-] Mir-4828-P2 NW_003123408.1: 368810-368871 [-] Mir-4828-P1 NW_003123408.1: 368928-368991 [-] |
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| Seed | GUAAAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUUCUAAUCUAAUUUUGUGUUGGCCGCUCCAAUCUCUGUGUGCAUUUUCAUCUGUUUUAGCCAAAGAACAGUAAAUGCCACUGAGAUUAGAGCGUUUAUCACUAAGACGACUUUCUGGAUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCUUCUAAUCUAAUUUU--| U GC C U U UCAUCUGUUUUA GUG UG CGCUC AAUCUC GUG GCAUUU \ CAC AU GCGAG UUAGAG CAC CGUAAA G UUAGGUCUUUCAGCAGAAU^ U UU A U - UGACAAGAAACC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sko-Mir-4828-P2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAAUCUCUGUGUGCAUUUUCAUC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Sko-Mir-4828-P2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- AGUAAAUGCCACUGAGAUUAGA -62
Get sequence
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