| MirGeneDB ID | Sko-Mir-4828-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-4828 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Saccoglossus (Saccoglossus kowalevskii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | sko-mir-4828a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sko-Mir-4828-P2 Sko-Mir-4828-P3 Sko-Mir-4828-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Pfl-Mir-4828-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Skow_1.1) |
NW_003123408.1: 368928-368991 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4828-P1) |
Mir-4828-P4
NW_003123408.1: 368417-368477 [-]
Mir-4828-P3 NW_003123408.1: 368589-368648 [-] Mir-4828-P2 NW_003123408.1: 368810-368871 [-] Mir-4828-P1 NW_003123408.1: 368928-368991 [-] |
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| Seed | GUAAAUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGAUGUAGAUUCUCCUGGGGCAUACCCUUCAGUCUGGAUGUGUAUUUUCAUCUGUUGGUAUCAAUCUAUACAGUAAAUACCAUUCAGAUUGCAGGGUGGUCCUUCCAAGCAAGUUUAAGUCUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAGAUGUAGAUUCUCCU---| A U U UCAUCUGUUGGUA GGGGC UACCCU CAGUCUGGAUG GUAUUU \ UCCUG GUGGGA GUUAGACUUAC CAUAAA U UUCUGAAUUUGAACGAACCU^ - C - UGACAUAUCUAAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sko-Mir-4828-P1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGUCUGGAUGUGUAUUUUCAUC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Sko-Mir-4828-P1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0020036 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- AGUAAAUACCAUUCAGAUUGCA -64
Get sequence
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