| MirGeneDB ID | Sha-Novel-2-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | SHA-NOVEL-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sha-Novel-2-P1a Sha-Novel-2-P1b Sha-Novel-2-P2 Sha-Novel-2-P3 Sha-Novel-2-P5a Sha-Novel-2-P5b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | S. harrisii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | S. harrisii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (DEVIL_add) |
GL867924.1: 17005-17071 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-2-P4) |
Novel-2-P4
GL867924.1: 17005-17071 [-]
UCSC
Ensembl
Novel-2-P3 GL867924.1: 40191-40249 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | UUCCCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGACCAAGUUUAUAAAUGGCAAUUAAAUCGGUGCCUAGUGUUUGAGAAGGAAAAGGAAUCAUCUUAGUAGUCCACUUUCCCAAAACUAGGCACCGAUUUCGCUGUCACCACCUCCACCACUACCACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUGACCAAGUUUAUAAA--| AUU G A AAAAGGAAUCA UGGCA AAAUCGGUGCCUAGU UUUG GAAGG U ACUGU UUUAGCCACGGAUCA AAAC CUUUC C CACCAUCACCACCUCCACC^ CGC - C ACCUGAUGAUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sha-Novel-2-P4_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGUGCCUAGUGUUUGAGAAGGA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Sha-Novel-2-P4_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
46- UUUCCCAAAACUAGGCACCGA -67
Get sequence
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