| MirGeneDB ID | Sha-Novel-10-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | SHA-NOVEL-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sha-Novel-10-P1a-v1 Sha-Novel-10-P1b-v1 Sha-Novel-10-P2a-v1 Sha-Novel-10-P2b-v1 Sha-Novel-10-P3 Sha-Novel-10-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | S. harrisii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | S. harrisii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (DEVIL_add) |
GL867904.1: 85513-85568 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-10-P5-v1) |
Novel-10-P3
GL867904.1: 83832-83888 [+]
UCSC
Ensembl
Novel-10-P4 GL867904.1: 84439-84494 [+] UCSC Ensembl Novel-10-P5-v2 GL867904.1: 85512-85569 [+] UCSC Ensembl Novel-10-P5-v1 GL867904.1: 85513-85568 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Sha-Novel-10-P5-v1 |
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| Seed | GAGGUUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAACAGUCCCUCUUUUCCUGACUGCCUACUUGAGGUUUGAGCUACUGGCUACCCAUUUCGCUUGGUAUCCAGCAGCCAAACCUCAGUAGUGAGUCGGAAUGGCAACAAAGAGGACAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAACAGUCCCUCUUUUC--| GC U A A C CAUU CUGACU CUACU GAGGUUUG GCU CUGG UACC U GGCUGA GAUGA CUCCAAAC CGA GACC AUGG C ACAGGAGAAACAACGGUAA^ GU - - C U UUCG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Sha-Novel-10-P5-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAGGUUUGAGCUACUGGCUACC -23
Get sequence
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| Star sequence | Sha-Novel-10-P5-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UAUCCAGCAGCCAAACCUCAG -56
Get sequence
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| Variant | Sha-Novel-10-P5-v2 |
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| Seed | UGAGGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGAACAGUCCCUCUUUUCCUGACUGCCUACUUGAGGUUUGAGCUACUGGCUACCCAUUUCGCUUGGUAUCCAGCAGCCAAACCUCAGUAGUGAGUCGGAAUGGCAACAAAGAGGACACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGAACAGUCCCUCUUUUC--| GC U A A C CAUU CUGACU CUACU GAGGUUUG GCU CUGG UACC U GGCUGA GAUGA CUCCAAAC CGA GACC AUGG C CACAGGAGAAACAACGGUAA^ GU - - C U UUCG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Sha-Novel-10-P5-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUGAGGUUUGAGCUACUGGCUACC -24
Get sequence
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| Star sequence | Sha-Novel-10-P5-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UAUCCAGCAGCCAAACCUCAGU -58
Get sequence
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