| MirGeneDB ID | Pma-Mir-4545-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-4545 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | pma-mir-4545 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pma-Mir-4545-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ebu-Mir-4545-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Cyclostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Cyclostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046071.1: 13966325-13966381 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4545-P1-v2) |
Mir-4545-P1-v1
NC_046071.1: 13966325-13966381 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-4545-P1-v2 NC_046071.1: 13966325-13966381 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Pma-Mir-4545-P1-v2 |
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| Seed | CAGCAUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUCUGGCCCAGCACCUCGCUCCCCGCCGGCCUUCACAACUGGCUGCUUUACUGUAGAGGAAGGGGUACAGCAUCCAGUUGUGUGAGACGGUGGUGGGCUCUCUCUGCAGCUCAAAUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUCUGGCCCAGCACCUC--| C GC - C U UGUAGA GCUC CCGCCG CUU CACAACUGG UGCU UAC \ CGGG GGUGGC GAG GUGUUGACC ACGA AUG G UUAAACUCGACGUCUCUCU^ U A- U U C GGGAAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pma-Mir-4545-P1-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0019575 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUUCACAACUGGCUGCUUUAC -21
Get sequence
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| Mature sequence | Pma-Mir-4545-P1-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0019576 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- ACAGCAUCCAGUUGUGUGAGA -57
Get sequence
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| Variant | Pma-Mir-4545-P1-v1 |
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| Seed | ACAGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUCUGGCCCAGCACCUCGCUCCCCGCCGGCCUUCACAACUGGCUGCUUUACUGUAGAGGAAGGGGUACAGCAUCCAGUUGUGUGAGACGGUGGUGGGCUCUCUCUGCAGCUCAAAUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUCUGGCCCAGCACCUC--| C GC - C U GUAGA GCUC CCGCCG CUU CACAACUGG UGCU UACU \ CGGG GGUGGC GAG GUGUUGACC ACGA AUGG G UUAAACUCGACGUCUCUCU^ U A- U U C GGAAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pma-Mir-4545-P1-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0019575 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUUCACAACUGGCUGCUUUACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Pma-Mir-4545-P1-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0019576 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UACAGCAUCCAGUUGUGUGAGA -57
Get sequence
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