| MirGeneDB ID | Ebu-Mir-4545-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-4545 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ebu-Mir-4545-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Pma-Mir-4545-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Cyclostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Cyclostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02010063.1: 1316499-1316558 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4545-P1-v1) |
Mir-4545-P1-v1
FYBX02010063.1: 1316499-1316558 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-4545-P1-v2 FYBX02010063.1: 1316499-1316558 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Ebu-Mir-4545-P1-v1 |
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| Seed | ACAGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGCCAUACCUUUCCAGUGCCUCCCAACGUCCUUCACAACUGGCUGCUUUACUGUUCACCUCGCAGGGGUACAGCAUCCAGUUGUGGCGGAUGUGGGGAGAGGCAUCACACUACCAAGUGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGCCAUACCUUUCCAGUGC--| A U C U GUUCAC CUCCC ACGUCC UCACAACUGG UGCU UACU C GAGGG UGUAGG GGUGUUGACC ACGA AUGG U AGUGAACCAUCACACUACGGA^ G C U C GGACGC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ebu-Mir-4545-P1-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUUCACAACUGGCUGCUUUACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ebu-Mir-4545-P1-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UACAGCAUCCAGUUGUGGCGGA -60
Get sequence
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| Variant | Ebu-Mir-4545-P1-v2 |
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| Seed | CAGCAUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGCCAUACCUUUCCAGUGCCUCCCAACGUCCUUCACAACUGGCUGCUUUACUGUUCACCUCGCAGGGGUACAGCAUCCAGUUGUGGCGGAUGUGGGGAGAGGCAUCACACUACCAAGUGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGCCAUACCUUUCCAGUGC--| A U C U UGUUCAC CUCCC ACGUCC UCACAACUGG UGCU UAC C GAGGG UGUAGG GGUGUUGACC ACGA AUG U AGUGAACCAUCACACUACGGA^ G C U C GGGACGC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ebu-Mir-4545-P1-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUUCACAACUGGCUGCUUUAC -21
Get sequence
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| Mature sequence | Ebu-Mir-4545-P1-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- ACAGCAUCCAGUUGUGGCGGA -60
Get sequence
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