| MirGeneDB ID | Pfl-Mir-4825-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-4825 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Ptychodera (Ptychodera flava) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pfl-Mir-4825-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Sko-Mir-4825 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | P. flava | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Pfl) |
LD342864.1: 121309-121370 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4825-P1b) |
Mir-4825-P1a
LD342864.1: 121309-121370 [+]
Mir-4825-P1b LD342864.1: 121309-121370 [+] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CACACCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGCCCUGCAAAAGGUGUGAUGUUGGGUAAGGGGACAGGGAUUGGUGUGGGGGUCUCAUUUCUACCACCUCACACCUUGACCUGUCAACCUUACCCACAUUACCAUAUCAACGAUUAACUAUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UGGCCCUGCAAAAGGUG---| U G- GAUU GUCUCAU UGAUGU GGGUAAGG GACAGG GGUGUGGGG \ AUUACA CCCAUUCC CUGUCC CCACACUCC U UAUCAAUUAGCAACUAUACC^ - AA AGUU ACCAUCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Pfl-Mir-4825-P1b_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGGACAGGGAUUGGUGUGGGG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Pfl-Mir-4825-P1b_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UCACACCUUGACCUGUCAACCUU -62
Get sequence
|
