| MirGeneDB ID | Pab-Mir-615 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-615 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-615 Cfa-Mir-615 Cja-Mir-615 Cpo-Mir-615 Eca-Mir-615 Ete-Mir-615 Hsa-Mir-615 Laf-Mir-615 Mml-Mir-615 Mmr-Mir-615 Mmu-Mir-615 Ocu-Mir-615 Rno-Mir-615 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054689.2: 51832659-51832722 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-615) |
Mir-196-P4
CM054689.2: 51790476-51790534 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-615 CM054689.2: 51832659-51832722 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | CCGAGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGAUUCCAGCGACUCGGGAGGGGCGGGAGGGGGUUCCCCGGUGCUCGGAUCUCGAGGGUGCUUAUUGUUCGGUCCGAGCCUGGGUCUCCGUCUUCCCCCCAACCCCCCCGCUCAGCCCCUCCGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGGAUUCCAGCGACUCGGGA---| C G UUC U UCGAGGGUG GGGG GGGAGG GG CCCGG GCUCGGAUC \ CCCC CCUUCU CC GGGUC CGAGCCUGG C GCCUCCCCGACUCGCCCCCCCAA^ - G UCU - CUUGUUAUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pab-Mir-615_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGGUUCCCCGGUGCUCGGAUC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Pab-Mir-615_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- UCCGAGCCUGGGUCUCCGUCU -64
Get sequence
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