MirGeneDB ID | Cpo-Mir-615 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-615 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CCGAGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-615 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-615 Cfa-Mir-615 Ete-Mir-615 Hsa-Mir-615 Mml-Mir-615 Mmu-Mir-615 Ocu-Mir-615 Rno-Mir-615 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_9: 45777680-45777743 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-615) |
Mir-615
scaffold_9: 45777680-45777743 [-]
UCSC
Mir-196-P4 scaffold_9: 45819379-45819437 [-] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGGAUCCCAGCGACUCGGGAGGGGCGGGAGGGGGGUCCCCGGUGCUCGGAUCUCGAGAGUGCUUAUUGUUCGGUCCGAGCCUGGGUCUCCCUCUUCCCCCCACACCCCCCUCAGCCCUCCGGCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AGGAUCCCAGCGACUCGGGA---| C UC U UCGAGAGUG GGGG GGGAGGGGGG CCCGG GCUCGGAUC \ CCCC CCUUCUCCCU GGGUC CGAGCCUGG C UCGGCCUCCCGACUCCCCCCACA^ - CU - CUUGUUAUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cpo-Mir-615_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0047353 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGGGGUCCCCGGUGCUCGGAUC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cpo-Mir-615_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0047354 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
43- UCCGAGCCUGGGUCUCCCUCU -64
Get sequence
|