MirGeneDB ID | Pab-Mir-1296 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1296 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-1296 Cfa-Mir-1296 Cja-Mir-1296 Cpo-Mir-1296 Dno-Mir-1296 Eca-Mir-1296 Ete-Mir-1296 Hsa-Mir-1296 Laf-Mir-1296 Mml-Mir-1296 Mmr-Mir-1296 Ocu-Mir-1296 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054687.2: 80862708-80862772 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAGGGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGAAAUCAACGAAUCACCUACCUAACUGGGUUAGGGCCCUGGCUCCAUCUCCUUUAGGAAAACCUUCUGUGGGGAGUGGGGCUUCGACCCUAACCCAGGUGGGCUGUAACACUGCUGUAUUUUCUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 UGAAAUCAACGAAUCACCUA--| A CCCU U UUUAGGAAA CCUA CUGGGUUAGGG GGCUCCA CUCC A GGGU GACCCAAUCCC UCGGGGU GAGG C UCUUUUAUGUCGUCACAAUGUC^ G AGCU - GGUGUCUUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Pab-Mir-1296_5p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUAGGGCCCUGGCUCCAUCUCC -22
Get sequence
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Star sequence | Pab-Mir-1296_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
44- AGUGGGGCUUCGACCCUAACC -65
Get sequence
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