MirGeneDB ID | Pab-Mir-1180 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1180 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cja-Mir-1180 Eca-Mir-1180 Hsa-Mir-1180 Mml-Mir-1180 Mmr-Mir-1180 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Boreoeutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Boreoeutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054698.2: 20564608-20564663 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUCCGGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGUCCCGGCGGGGCGAAGCCCGCGGCUGCUGGACCCACCCGGCCGGGAAUAGUGCUCCUGGUUGUUUCCGGCUCGCGUGGGUGUGUCGGCGGCGGGGCCUGACACCCCCGGCCUCCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AGUCCCGGCGGGGCGAAG-- G C G C -| GUGCU CCCGC GCUG UG ACCCAC CG GCCGGGAAUA \ GGGCG CGGC GU UGGGUG GC CGGCCUUUGU C CCUCCGGCCCCCACAGUCCG G U G C U^ UGGUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Pab-Mir-1180_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGACCCACCCGGCCGGGAAUA -21
Get sequence
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Mature sequence | Pab-Mir-1180_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
34- UUUCCGGCUCGCGUGGGUGUGU -56
Get sequence
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