MirGeneDB ID | Mmr-Mir-1180 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1180 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Gray mouse lemur (Microcebus murinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cja-Mir-1180 Eca-Mir-1180 Hsa-Mir-1180 Mml-Mir-1180 Pab-Mir-1180 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Boreoeutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Boreoeutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000165445.3_Mmur_3.0_genomic) |
CM007676.1: 60731254-60731309 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUCCGGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGCCCGCCAGGGCGAAGCCCGCGGCUGCCGGACCCACCCGGCCGGGAAUAGUGCACCGUCUUCUUUCCGGCUCGAGUGGGUGUGUCGGAGGCGUGGCCUGGACGCCAGUCCCUGGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UUGCCCGCCAGGGCGAA- - GG C G C -| UAGUGCA GCC CGC CUG CG ACCCAC CG GCCGGGAA \ CGG GCG GGC GU UGGGUG GC CGGCCUUU C GGUCCCUGACCGCAGGUC U GA U G A U^ CUUCUGC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Mmr-Mir-1180_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGACCCACCCGGCCGGGAAUA -21
Get sequence
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Mature sequence | Mmr-Mir-1180_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
34- UUUCCGGCUCGAGUGGGUGUGU -56
Get sequence
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