| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-653 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-653 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-653 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-653 Cfa-Mir-653 Cpo-Mir-653 Dno-Mir-653 Hsa-Mir-653 Mml-Mir-653 Mmu-Mir-653 Rno-Mir-653 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chr10: 35346249-35346307 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-653) |
Mir-489
chr10: 35345574-35345633 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-653 chr10: 35346249-35346307 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAGAGGUUCUGAUUUCCCAUUCUUUCAGUGUUGAAACAUCCUCUAUUGAAUUAGGCUUUCAACCAAGUUCACUGGAGUUUGUUUCAAUAUUGCAAGAAUGAUAAGAUUGAAGCUACUGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CAGAGGUUCUGAUUUCC--| U UC U AGGCUU CAUUCUU CAGUGUUGAAACA CUCUA UGAAUU \ GUAAGAA GUUAUAACUUUGU GAGGU ACUUGA U UGUCAUCGAAGUUAGAAUA^ C UU C ACCAAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ocu-Mir-653_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0048543 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUGAAACAUCCUCUAUUGAAUU -22
Get sequence
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| Co-mature sequence | Ocu-Mir-653_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0048544 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UUCACUGGAGUUUGUUUCAAUA -59
Get sequence
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