| MirGeneDB ID | Oan-Mir-1421-P40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-1421 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Platypus (Ornithorhynchus anatinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | oan-mir-1421g-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Oan-Mir-1421-P1 Oan-Mir-1421-P2 Oan-Mir-1421-P3 Oan-Mir-1421-P4 Oan-Mir-1421-P5 Oan-Mir-1421-P6 Oan-Mir-1421-P7a Oan-Mir-1421-P7b Oan-Mir-1421-P7c Oan-Mir-1421-P8 Oan-Mir-1421-P9 Oan-Mir-1421-P10 Oan-Mir-1421-P11 Oan-Mir-1421-P12 Oan-Mir-1421-P13a Oan-Mir-1421-P13b Oan-Mir-1421-P14 Oan-Mir-1421-P15 Oan-Mir-1421-P16 Oan-Mir-1421-P17 Oan-Mir-1421-P18 Oan-Mir-1421-P19 Oan-Mir-1421-P20 Oan-Mir-1421-P21 Oan-Mir-1421-P22 Oan-Mir-1421-P23 Oan-Mir-1421-P24 Oan-Mir-1421-P25 Oan-Mir-1421-P26 Oan-Mir-1421-P27 Oan-Mir-1421-P28 Oan-Mir-1421-P29a Oan-Mir-1421-P29b Oan-Mir-1421-P30 Oan-Mir-1421-P31a Oan-Mir-1421-P31b Oan-Mir-1421-P31c Oan-Mir-1421-P32 Oan-Mir-1421-P33 Oan-Mir-1421-P34 Oan-Mir-1421-P35 Oan-Mir-1421-P36a Oan-Mir-1421-P36b Oan-Mir-1421-P37 Oan-Mir-1421-P38 Oan-Mir-1421-P39 Oan-Mir-1421-P41 Oan-Mir-1421-P42 Oan-Mir-1421-P43 Oan-Mir-1421-P44 Oan-Mir-1421-P45 Oan-Mir-1421-P46 Oan-Mir-1421-P47 Oan-Mir-1421-P48 Oan-Mir-1421-P49 Oan-Mir-1421-P50 Oan-Mir-1421-P51 Oan-Mir-1421-P52a Oan-Mir-1421-P52b Oan-Mir-1421-P53 Oan-Mir-1421-P54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | O. anatinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | O. anatinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mOrnAna1.p.v1_plustraces) |
NC_041749.1: 96810304-96810363 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1421-P40) |
Mir-1421-P22
NC_041749.1: 96790662-96790722 [+]
Mir-1421-P23 NC_041749.1: 96791221-96791281 [+] Mir-1421-P24 NC_041749.1: 96791800-96791860 [+] Mir-1421-P25 NC_041749.1: 96794548-96794608 [+] Mir-1421-P26 NC_041749.1: 96795273-96795333 [+] Mir-1421-P27 NC_041749.1: 96795832-96795892 [+] Mir-1421-P28 NC_041749.1: 96796646-96796706 [+] Mir-1421-P29a NC_041749.1: 96797344-96797411 [+] Mir-1421-P30 NC_041749.1: 96798506-96798563 [+] Mir-1421-P31b NC_041749.1: 96799320-96799380 [+] Mir-1421-P32 NC_041749.1: 96799874-96799934 [+] Mir-1421-P33 NC_041749.1: 96800689-96800749 [+] Mir-1421-P29b NC_041749.1: 96801390-96801450 [+] Mir-1421-P31a NC_041749.1: 96802450-96802510 [+] Mir-1421-P34 NC_041749.1: 96803000-96803054 [+] Mir-1421-P35 NC_041749.1: 96803731-96803791 [+] Mir-1421-P36b NC_041749.1: 96804289-96804349 [+] Mir-1421-P37 NC_041749.1: 96805105-96805165 [+] Mir-1421-P38 NC_041749.1: 96806411-96806471 [+] Mir-1421-P39 NC_041749.1: 96808270-96808331 [+] Mir-1419-P7 NC_041749.1: 96808674-96808732 [+] Mir-1421-P40 NC_041749.1: 96810304-96810363 [+] Mir-1421-P36a NC_041749.1: 96810861-96810921 [+] Mir-1421-P41 NC_041749.1: 96811675-96811735 [+] Mir-1421-P42 NC_041749.1: 96812547-96812607 [+] Mir-1421-P43 NC_041749.1: 96816733-96816787 [+] Mir-1421-P31c NC_041749.1: 96816957-96817017 [+] Mir-1421-P44 NC_041749.1: 96819518-96819575 [+] Mir-1421-P45 NC_041749.1: 96820252-96820312 [+] Mir-1419-P8 NC_041749.1: 96820654-96820712 [+] Mir-1421-P46 NC_041749.1: 96821372-96821432 [+] Mir-1421-P47 NC_041749.1: 96822447-96822507 [+] Mir-1421-P48 NC_041749.1: 96822927-96822987 [+] Mir-1421-P49 NC_041749.1: 96823569-96823625 [+] Mir-1419-P9 NC_041749.1: 96823966-96824024 [+] Mir-1421-P50 NC_041749.1: 96824715-96824775 [+] Mir-1421-P51 NC_041749.1: 96826285-96826341 [+] Mir-1421-P52b NC_041749.1: 96827002-96827062 [+] Novel-4-P1b NC_041749.1: 96827349-96827406 [+] Mir-1421-P53 NC_041749.1: 96828984-96829044 [+] Mir-1421-P54 NC_041749.1: 96830817-96830877 [+] Mir-1421-P20 NC_041749.1: 96831372-96831433 [+] Mir-1421-P52a NC_041749.1: 96833979-96834039 [+] Novel-4-P1a NC_041749.1: 96834326-96834383 [+] Mir-1421-P1 NC_041749.1: 96837949-96838010 [+] Mir-1421-P2 NC_041749.1: 96840218-96840278 [+] Mir-1421-P3 NC_041749.1: 96840770-96840830 [+] Mir-1419-P1 NC_041749.1: 96841505-96841558 [+] Mir-1421-P4 NC_041749.1: 96842948-96843008 [+] Mir-1421-P5 NC_041749.1: 96844194-96844254 [+] Mir-1421-P6 NC_041749.1: 96844751-96844811 [+] Mir-1421-P7a NC_041749.1: 96847250-96847310 [+] Mir-1421-P8 NC_041749.1: 96847806-96847866 [+] Mir-1421-P9 NC_041749.1: 96850234-96850294 [+] Mir-1419-P2c NC_041749.1: 96853761-96853819 [+] Mir-1421-P7b NC_041749.1: 96855059-96855119 [+] Mir-1421-P10 NC_041749.1: 96855616-96855676 [+] Mir-1421-P11 NC_041749.1: 96856623-96856683 [+] Mir-1421-P12 NC_041749.1: 96857179-96857236 [+] Mir-1421-P13a NC_041749.1: 96860142-96860202 [+] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGGGGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAACAUCCAGGUGACGUACGGCACGGUGCGAGGGGGUCGUACGUCAUGCAGAGUGAUGGCGGAAUAUGCUGCAUGCGUGCGACCUCCUUACACAGCACUGGGUGUCUCCGGCCAGAGAUCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GAACAUCCAGGUGACGUACGGCA -----| U AGUGAUGG CGGUGC GAGGGGGUCGUACG CAUGCAG \ GUCACG UUCCUCCAGCGUGC GUACGUC C CUAGAGACCGGCCUCUGUGG--- ACACA^ - GUAUAAGG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Oan-Mir-1421-P40_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0006975 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGGGGUCGUACGUCAUGCAGA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Oan-Mir-1421-P40_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0009176 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGCAUGCGUGCGACCUCCUUA -60
Get sequence
|
