| MirGeneDB ID | Neu-Mir-1541 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1541 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tammar Wallaby (Notamacropus eugenii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Mdo-Mir-1541 Sha-Mir-1541 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028372415.1_mMacEug1.pri) |
CM051817.1: 18383837-18383896 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1541) |
Mir-430-P51
CM051817.1: 18382539-18382598 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-7303-P2 CM051817.1: 18382853-18382907 [-] UCSC Ensembl Mir-1541 CM051817.1: 18383837-18383896 [-] UCSC Ensembl Mir-7304 CM051817.1: 18383978-18384036 [-] UCSC Ensembl Novel-6 CM051817.1: 18384377-18384433 [-] UCSC Ensembl Mir-7303-P1-v1 CM051817.1: 18384511-18384569 [-] UCSC Ensembl Mir-7303-P1-v2 CM051817.1: 18384511-18384569 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | GGUGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCCAGCAUUCUCAAUGGCCCUCAACCUGUGACAUCCCAACUGGGCACACUGUUGUGAUGAUAGACAGAUGGUGUGCUUGUUUGGAUGUGGCAGUUUGUAAUGGGACCAACAUCCGGUGAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCCAGCAUUCUCAAUGGCCCU--| C G C U GUGAUG CAA CUGU ACAUCC AAC GGGCACACUGUU \ GUU GACG UGUAGG UUG UUCGUGUGGUAG A UAGUGGCCUACAACCAGGGUAAU^ U G U - ACAGAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Neu-Mir-1541_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACAUCCCAACUGGGCACACUGUU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Neu-Mir-1541_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGGUGUGCUUGUUUGGAUGUGG -60
Get sequence
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