MirGeneDB ID | Mml-Mir-642 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-642 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCCCUCU | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rhesus monkey (Macaca mulatta) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mml-mir-642 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Hsa-Mir-642 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Catarrhini | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Catarrhini | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (rheMac8_trace) |
chr19: 41017632-41017688 [+] UCSC Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-642) |
Mir-330-v1
chr19: 40984418-40984481 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-330-v2 chr19: 40984418-40984481 [-] UCSC Ensembl Mir-642 chr19: 41017632-41017688 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACACUCUCACAGUUUAUCUGAGCUGGGAGGGUCCCUCUCCAAAUGUGUCUUGGGGUGGGGGAUCAAGACACAUUUGGAGAGGGAACCUCCCAACUCGGCCUCAUUGAACUCUCCCAGGet precursor sequence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 ACACUCUCACAGUUUAU--| C G GGGUG CUGAG UGGGAGG UCCCUCUCCAAAUGUGUCUUG \ GGCUC ACCCUCC AGGGAGAGGUUUACACAGAAC G GACCCUCUCAAGUUACUCC^ A A UAGGG 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mml-Mir-642_5p (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0006483 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUCCCUCUCCAAAUGUGUCUUG -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-642 |
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Star sequence | Mml-Mir-642_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- AGACACAUUUGGAGAGGGAACC -57
Get sequence
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