| MirGeneDB ID | Mml-Mir-154-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-154 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CCAAUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rhesus monkey (Macaca mulatta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mml-mir-323b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mml-Mir-154-P1 Mml-Mir-154-P2-v1 Mml-Mir-154-P2-v2 Mml-Mir-154-P3a-v1 Mml-Mir-154-P3a-v2 Mml-Mir-154-P4a Mml-Mir-154-P4b Mml-Mir-154-P5 Mml-Mir-154-P6 Mml-Mir-154-P7 Mml-Mir-154-P8 Mml-Mir-154-P9 Mml-Mir-154-P10 Mml-Mir-154-P12 Mml-Mir-154-P13 Mml-Mir-154-P14 Mml-Mir-154-P15 Mml-Mir-154-P17 Mml-Mir-154-P18 Mml-Mir-154-P19 Mml-Mir-154-P20-v1 Mml-Mir-154-P20-v2 Mml-Mir-154-P21 Mml-Mir-154-P22 Mml-Mir-154-P23 Mml-Mir-154-P24 Mml-Mir-154-P25 Mml-Mir-154-P26 Mml-Mir-154-P27 Mml-Mir-154-P28a Mml-Mir-154-P28b Mml-Mir-154-P29 Mml-Mir-154-P30 Mml-Mir-154-P31 Mml-Mir-154-P36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-154-P3b Cfa-Mir-154-P3b Cpo-Mir-154-P3b Dno-Mir-154-P3b Hsa-Mir-154-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (rheMac8_trace) |
chr7: 163390241-163390297 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-154-P3b) |
Mir-154-P7
chr7: 163357375-163357433 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-154-P13 chr7: 163358644-163358699 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P2-v1 chr7: 163359100-163359154 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P2-v2 chr7: 163359101-163359153 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P8 chr7: 163360321-163360377 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3a-v1 chr7: 163361049-163361104 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3a-v2 chr7: 163361049-163361104 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P26 chr7: 163361342-163361399 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P4a chr7: 163362105-163362162 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P4b chr7: 163362422-163362480 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P18 chr7: 163364085-163364140 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P22 chr7: 163366429-163366486 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P19 chr7: 163368279-163368336 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P4 chr7: 163373702-163373759 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P3 chr7: 163374087-163374144 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P23 chr7: 163374240-163374295 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P2 chr7: 163374466-163374523 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P1 chr7: 163374794-163374851 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P28b chr7: 163376994-163377053 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P28a chr7: 163378214-163378273 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P9 chr7: 163379932-163379994 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P17 chr7: 163380474-163380531 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P21 chr7: 163381324-163381387 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P27 chr7: 163381903-163381961 [+] UCSC Ensembl Mir-544 chr7: 163382670-163382726 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P10 chr7: 163388330-163388387 [+] UCSC Ensembl Mir-134 chr7: 163388708-163388768 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P15 chr7: 163389442-163389500 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3b chr7: 163390241-163390297 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P1 chr7: 163393764-163393821 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P20-v2 chr7: 163394623-163394678 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P20-v1 chr7: 163394623-163394678 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6 chr7: 163395856-163395915 [+] UCSC Ensembl Mir-541 chr7: 163398297-163398362 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P36 chr7: 163399110-163399163 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P14 chr7: 163399261-163399315 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P5 chr7: 163399401-163399456 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P12 chr7: 163399719-163399775 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P25 chr7: 163400526-163400581 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAGCAGUGCCACCUCAUGGUACUCGGAGGGAGGUUGUCCGUGGUGAGUUCGCAUUAUUUAAUGAUGCCCAAUACACGGUCGACCUCUUUUCGGUAUCAGAUCUCACCAGGUGUCUUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GAGCAGUGCCACCUCAU---| U U GUGAGUUC UUAUU GGUAC CGGAGGGAGGUUG CCGUG GCA \ CUAUG GCUUUUCUCCAGC GGCAC CGU U CUUCUGUGGACCACUCUAGA^ - U AUAACC-- AGUAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mml-Mir-154-P3b_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0028354 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGUUGUCCGUGGUGAGUUCGCA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-323b-5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mml-Mir-154-P3b_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0028355 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CCCAAUACACGGUCGACCUCU -57
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-323b-3p |
