| MirGeneDB ID | Mml-Mir-154-P28b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-154 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAGGAUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rhesus monkey (Macaca mulatta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mml-mir-1185-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mml-Mir-154-P1 Mml-Mir-154-P2-v1 Mml-Mir-154-P2-v2 Mml-Mir-154-P3a-v1 Mml-Mir-154-P3a-v2 Mml-Mir-154-P3b Mml-Mir-154-P4a Mml-Mir-154-P4b Mml-Mir-154-P5 Mml-Mir-154-P6 Mml-Mir-154-P7 Mml-Mir-154-P8 Mml-Mir-154-P9 Mml-Mir-154-P10 Mml-Mir-154-P12 Mml-Mir-154-P13 Mml-Mir-154-P14 Mml-Mir-154-P15 Mml-Mir-154-P17 Mml-Mir-154-P18 Mml-Mir-154-P19 Mml-Mir-154-P20-v1 Mml-Mir-154-P20-v2 Mml-Mir-154-P21 Mml-Mir-154-P22 Mml-Mir-154-P23 Mml-Mir-154-P24 Mml-Mir-154-P25 Mml-Mir-154-P26 Mml-Mir-154-P27 Mml-Mir-154-P28a Mml-Mir-154-P29 Mml-Mir-154-P30 Mml-Mir-154-P31 Mml-Mir-154-P36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-154-P28 Cfa-Mir-154-P28 Cpo-Mir-154-P28 Ete-Mir-154-P28 Hsa-Mir-154-P28b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Catarrhini | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (rheMac8_trace) |
chr7: 163376994-163377053 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-154-P28b) |
Mir-154-P7
chr7: 163357375-163357433 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-154-P13 chr7: 163358644-163358699 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P2-v1 chr7: 163359100-163359154 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P2-v2 chr7: 163359101-163359153 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P8 chr7: 163360321-163360377 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3a-v1 chr7: 163361049-163361104 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3a-v2 chr7: 163361049-163361104 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P26 chr7: 163361342-163361399 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P4a chr7: 163362105-163362162 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P4b chr7: 163362422-163362480 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P18 chr7: 163364085-163364140 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P22 chr7: 163366429-163366486 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P19 chr7: 163368279-163368336 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P4 chr7: 163373702-163373759 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P3 chr7: 163374087-163374144 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P23 chr7: 163374240-163374295 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P2 chr7: 163374466-163374523 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P1 chr7: 163374794-163374851 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P28b chr7: 163376994-163377053 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P28a chr7: 163378214-163378273 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P9 chr7: 163379932-163379994 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P17 chr7: 163380474-163380531 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P21 chr7: 163381324-163381387 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P27 chr7: 163381903-163381961 [+] UCSC Ensembl Mir-544 chr7: 163382670-163382726 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P10 chr7: 163388330-163388387 [+] UCSC Ensembl Mir-134 chr7: 163388708-163388768 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P15 chr7: 163389442-163389500 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3b chr7: 163390241-163390297 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P1 chr7: 163393764-163393821 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P20-v2 chr7: 163394623-163394678 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P20-v1 chr7: 163394623-163394678 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6 chr7: 163395856-163395915 [+] UCSC Ensembl Mir-541 chr7: 163398297-163398362 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P36 chr7: 163399110-163399163 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P14 chr7: 163399261-163399315 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P5 chr7: 163399401-163399456 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P12 chr7: 163399719-163399775 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P25 chr7: 163400526-163400581 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCUCUUCGAGCCACUCUUUGGUACUUGAAGAGAGGAUACCCUUUGUAUGUUCACUUGAUUAAUGGUGAAUAUACAGGGGGAGACUCUUAUUUGCGUAUCAAACUCUGUCGGGGAAGGCGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GCUCUUCGAGCCACUCU-- U -| GAUA ACUUGA UUGGUAC UGAA GAGAG CCCUUUGUAUGUUC U AACUAUG GUUU UUCUC GGGGGACAUAUAAG U CGCGGAAGGGGCUGUCUCA C A^ AGA- UGGUAA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mml-Mir-154-P28b_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0024314 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGAGGAUACCCUUUGUAUGUUC -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-1185-5p |
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| Co-mature sequence | Mml-Mir-154-P28b_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0027107 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AUAUACAGGGGGAGACUCUUAU -60
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-1185-3p |
