| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-7360-P3e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-7360 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-7360-5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-7360-P1a Mdo-Mir-7360-P1b Mdo-Mir-7360-P1c Mdo-Mir-7360-P1d Mdo-Mir-7360-P1e Mdo-Mir-7360-P1f Mdo-Mir-7360-P2a Mdo-Mir-7360-P2b Mdo-Mir-7360-P2c Mdo-Mir-7360-P2d Mdo-Mir-7360-P3a Mdo-Mir-7360-P3b Mdo-Mir-7360-P3c Mdo-Mir-7360-P3d Mdo-Mir-7360-P3f Mdo-Mir-7360-P3g Mdo-Mir-7360-P3h Mdo-Mir-7360-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | M. domestica | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | M. domestica | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
X: 66802580-66802638 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-7360-P3e) |
Mir-7360-P3e
X: 66802580-66802638 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-7359-P1c X: 66803745-66803801 [+] UCSC Ensembl Mir-7360-P1e X: 66803912-66803970 [+] UCSC Ensembl Mir-7360-P2d X: 66804823-66804881 [+] UCSC Ensembl Mir-7360-P4 X: 66805279-66805337 [+] UCSC Ensembl Mir-7359-P1b X: 66806444-66806500 [+] UCSC Ensembl Mir-7360-P1d X: 66806611-66806669 [+] UCSC Ensembl Mir-7360-P2c X: 66807522-66807580 [+] UCSC Ensembl Mir-7360-P3d X: 66807977-66808035 [+] UCSC Ensembl Mir-7359-P2c X: 66809142-66809197 [+] UCSC Ensembl Mir-7360-P2b X: 66810221-66810279 [+] UCSC Ensembl Mir-7360-P3c X: 66810676-66810734 [+] UCSC Ensembl Mir-7359-P2b X: 66811841-66811896 [+] UCSC Ensembl Mir-7360-P1c X: 66812009-66812067 [+] UCSC Ensembl Mir-7360-P3b X: 66813375-66813433 [+] UCSC Ensembl Mir-7359-P2a X: 66814540-66814595 [+] UCSC Ensembl Mir-7360-P1b X: 66814708-66814766 [+] UCSC Ensembl Mir-7360-P3a X: 66816074-66816132 [+] UCSC Ensembl Mir-7359-P1a X: 66817218-66817274 [+] UCSC Ensembl Mir-7360-P1a X: 66817385-66817443 [+] UCSC Ensembl Mir-7360-P2a X: 66818296-66818354 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAUUGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGGGGUAUUAGGAGGUUCUGAGGUCCCAUUCCUUUCUGUAGGUAUAAUAUUUUAAUAAAAAAUUAAAUAUUGUAUCACAGAUUGGACUGGGCCCUUUGACCAAUCAUCAUCAACUUAGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UGGGGGUAUUAGGAGGU--| U U U UU A UAAUA UC GAGG CCCA UCC UCUGU GGUAUAAUAUUU A AG UUCC GGGU AGG AGACA CUAUGUUAUAAA A GAUUCAACUACUACUAACC^ U C C UU - UUAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mdo-Mir-7360-P3e_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0028732 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCCUUUCUGUAGGUAUAAUAUUU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-7360-5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mdo-Mir-7360-P3e_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0028733 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AUAUUGUAUCACAGAUUGGACU -59
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-7360-3p |
