| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-7359-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-7359 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-7359a-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-7359-P1a Mdo-Mir-7359-P1b Mdo-Mir-7359-P2a Mdo-Mir-7359-P2b Mdo-Mir-7359-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | M. domestica | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | M. domestica | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
X: 66803745-66803801 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-7359-P1c) |
Mir-7360-P3e
X: 66802580-66802638 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-7359-P1c X: 66803745-66803801 [+] UCSC Ensembl Mir-7360-P1e X: 66803912-66803970 [+] UCSC Ensembl Mir-7360-P2d X: 66804823-66804881 [+] UCSC Ensembl Mir-7360-P4 X: 66805279-66805337 [+] UCSC Ensembl Mir-7359-P1b X: 66806444-66806500 [+] UCSC Ensembl Mir-7360-P1d X: 66806611-66806669 [+] UCSC Ensembl Mir-7360-P2c X: 66807522-66807580 [+] UCSC Ensembl Mir-7360-P3d X: 66807977-66808035 [+] UCSC Ensembl Mir-7359-P2c X: 66809142-66809197 [+] UCSC Ensembl Mir-7360-P2b X: 66810221-66810279 [+] UCSC Ensembl Mir-7360-P3c X: 66810676-66810734 [+] UCSC Ensembl Mir-7359-P2b X: 66811841-66811896 [+] UCSC Ensembl Mir-7360-P1c X: 66812009-66812067 [+] UCSC Ensembl Mir-7360-P3b X: 66813375-66813433 [+] UCSC Ensembl Mir-7359-P2a X: 66814540-66814595 [+] UCSC Ensembl Mir-7360-P1b X: 66814708-66814766 [+] UCSC Ensembl Mir-7360-P3a X: 66816074-66816132 [+] UCSC Ensembl Mir-7359-P1a X: 66817218-66817274 [+] UCSC Ensembl Mir-7360-P1a X: 66817385-66817443 [+] UCSC Ensembl Mir-7360-P2a X: 66818296-66818354 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACUGCCUAUAACCCUUUGAAUAUUGUGUCUUAGAAUGUGAAAGGCCAUUAGACAUUUUUGUUUCUCAUAGCCUUUCACAUUCUUAGAGACGAUAUUUCGAGUACAUCGUGAAUAUUGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 ACUGCCUAUAACCCUUU---| G U C U CAUU GAAUAUUGU UCU AGAAUGUGAAAGGC AU AGA U UUUAUAGCA AGA UCUUACACUUUCCG UA UCU U GUUAUAAGUGCUACAUGAGC^ G U A C UUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mdo-Mir-7359-P1c_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0028730 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGAAUGUGAAAGGCCAUUAGA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-7359-5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mdo-Mir-7359-P1c_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0028731 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- UCAUAGCCUUUCACAUUCUUAGA -57
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-7359a-3p |
