| MirGeneDB ID | Lgi-Mir-1984-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1984 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Owl limpet (Lottia gigantea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | lgi-mir-1985 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Lgi-Mir-1984-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Esc-Mir-1984 Hru-Mir-1984-P2 Lhy-Mir-1984 Mgi-Mir-1984-P2 Npo-Mir-1984 Pve-Mir-1984-P2 Rph-Mir-1984-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gastropoda + Bivalvia + Scaphopoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Conchifera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Lotgi1) |
LOTGIsca_4: 4881330-4881387 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1984-P2) |
Mir-1984-P1
LOTGIsca_4: 4879135-4879195 [+]
Ensembl
Mir-1984-P2 LOTGIsca_4: 4881330-4881387 [+] Ensembl |
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| Seed | GCCAUUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAAUAGAAGAUUUUUAAGUGGUGUUGCCAUGCCAUUUUUAUCAGUCACUGUGAUUCAUUAUUCUACAGUGCCUGUUAGAAUGGUUUGAUGAGCCGCUAAAUACAACGAAUAUUAAUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAAAUAGAAGAUUUUUA---| G GC U UAU U AUUCA AGUGGU UU CA GCCAUUUU CAG CACUGUG \ UCGCCG AG GU UGGUAAGA GUC GUGACAU U AUAAUUAUAAGCAACAUAAA^ - UA U UU- C CUUAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Lgi-Mir-1984-P2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0009727 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCCAUUUUUAUCAGUCACUGUG -23
Get sequence
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| Star sequence | Lgi-Mir-1984-P2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CAGUGCCUGUUAGAAUGGUUUG -58
Get sequence
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