MirGeneDB ID | Laf-Mir-2483 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2483 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-2483 Cfa-Mir-2483 Dno-Mir-2483 Eca-Mir-2483 Ete-Mir-2483 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010059.1: 5347799-5347854 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUCAACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGACACCCAAAUAUGUGAGUGAAAAGUUCCGUCAACCAUCCAGCUGUUUGGGGUGAUACAAACAAACAUCUGGUUGGUUGAGAGAAUUUUUUACUUAGUCUCUGGAUGUUUCGGAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GUGACACCCAAAUAUGU--| CG U C GGGUG GAGUGAAAAGUUC UCAACCA CCAG UGUUUG A UUCAUUUUUUAAG AGUUGGU GGUC ACAAAC U AGGCUUUGUAGGUCUCUGA^ AG U U AAACA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Drosha cut -2 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Laf-Mir-2483_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGUCAACCAUCCAGCUGUUUGG -22
Get sequence
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Star sequence | Laf-Mir-2483_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
34- AAACAUCUGGUUGGUUGAGAGA -56
Get sequence
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