| MirGeneDB ID | Laf-Mir-1277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1277 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-1277 Cfa-Mir-1277 Cpo-Mir-1277 Dno-Mir-1277 Eca-Mir-1277 Hsa-Mir-1277 Mml-Mir-1277 Mmr-Mir-1277 Ocu-Mir-1277 Pab-Mir-1277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010059.1: 12577420-12577477 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACGUAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAAUGCAGUAUCCAUUUAUAACCUUCCAAAUAUAUAUAUAUAUGUACGUAUGUGUAUAUGAAUGUAUACGUAGAUAUAUAUGUAUUUUUGGUGGGUUUAAUUUUUUUCACCUACGGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAAUGCAGUAUCCAUUUAU--| U U G UGUAU AACCU CCAAA AUAUAUAUAUAU UACGUAUG A UUGGG GGUUU UAUGUAUAUAUA AUGCAUAU U CAGGCAUCCACUUUUUUUAAU^ U U G GUAAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Laf-Mir-1277_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUAUAUAUAUAUGUACGUAUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Laf-Mir-1277_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UACGUAGAUAUAUAUGUAUUUU -58
Get sequence
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