MirGeneDB ID | Hru-Mir-2722 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2722 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Red Abalone (Haliotis rufescens) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-2722 Eba-Mir-2722 Esc-Mir-2722 Lgi-Mir-2722 Lhy-Mir-2722 Mgi-Mir-2722 Mom-Mir-2722 Npo-Mir-2722 Obi-Mir-2722 Ovu-Mir-2722 Pve-Mir-2722 Rph-Mir-2722 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Mollusca | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Mollusca | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_023055435.1_xgHalRufe1.0.p_genomic_plus_traces) |
JALGQA010000020.1: 4292711-4292766 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGCGCCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGAUCUCUAUUGUGACCUCCCCUACUGGAGAGGUGUUUCAUAGGCGCUACAUUGAGAUACACGUGGCGCCGUGGAAACAUCUACCUAGUGGGGGCAGCGAUACGUCAGGGGCAUCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GAGAUCUCUAUUGUGAC- -| AG AUA AUUGA CU CCCCUACUGG AGGUGUUUC GGCGCUAC G GA GGGGGUGAUC UCUACAAAG CCGCGGUG A CUACGGGGACUGCAUAGC C^ CA GUG CACAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | Not in assembly but in trace archive (BGOB50479.y1). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Hru-Mir-2722_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GAGGUGUUUCAUAGGCGCUACA -22
Get sequence
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Mature sequence | Hru-Mir-2722_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
34- UGGCGCCGUGGAAACAUCUACC -56
Get sequence
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