| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-142-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-142 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-142-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-142-P2-v1 Gmo-Mir-142-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-142-P4-v1 Ami-Mir-142-P4-v1 Cpi-Mir-142-P4-v1 Dre-Mir-142-P4-v1 Gja-Mir-142-P4-v1 Lch-Mir-142-P4 Mal-Mir-142-P4-v1 Mun-Mir-142-P4 Pbv-Mir-142-P4-v1 Tni-Mir-142-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
contig391504: 965-1024 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-142-P4-v2) |
Mir-142-P4-v4
contig391504: 963-1026 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-142-P4-v1 contig391504: 965-1024 [-] UCSC Ensembl Mir-142-P4-v2 contig391504: 965-1024 [-] UCSC Ensembl Mir-142-P4-v3 contig391504: 965-1024 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Gmo-Mir-142-P4-v2 |
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| Seed | AUAAAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCAUGGAUCUACAAAUACAGUGUUGUCACCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAAACUUCAAUGCAAAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUAUACUGAUGGCUGCAGGUGAUCAACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCAUGGAUCUACAAAUA--| UG C A UAAACUUC CAGUGU UCA CCAUAAAGUAG AAGCACUAC A GUCAUA AGU GGUAUUUCAUC UUUGUGAUG A CAACUAGUGGACGUCGGUA^ UG A C UGAAACGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gmo-Mir-142-P4-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0044045 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACUA -22
Get sequence
|
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| Co-mature sequence | Gmo-Mir-142-P4-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0044046 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -60
Get sequence
|
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| Variant | Gmo-Mir-142-P4-v1 |
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| Seed | AUAAAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCAUGGAUCUACAAAUACAGUGUUGUCACCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAAACUUCAAUGCAAAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUAUACUGAUGGCUGCAGGUGAUCAACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CCAUGGAUCUACAAAUA--| UG C A UAAACUUC CAGUGU UCA CCAUAAAGUAG AAGCACUAC A GUCAUA AGU GGUAUUUCAUC UUUGUGAUG A CAACUAGUGGACGUCGGUA^ UG A C UGAAACGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gmo-Mir-142-P4-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0044045 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACU -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Gmo-Mir-142-P4-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0044046 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -60
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Gmo-Mir-142-P4-v3 |
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| Seed | GUAGUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCAUGGAUCUACAAAUACAGUGUUGUCACCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAAACUUCAAUGCAAAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUAUACUGAUGGCUGCAGGUGAUCAACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CCAUGGAUCUACAAAUA--| UG C A UAAACUUC CAGUGU UCA CCAUAAAGUAG AAGCACUAC A GUCAUA AGU GGUAUUUCAUC UUUGUGAUG A CAACUAGUGGACGUCGGUA^ UG A C UGAAACGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gmo-Mir-142-P4-v3_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0044045 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACUAA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Gmo-Mir-142-P4-v3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0044046 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -60
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Gmo-Mir-142-P4-v4 |
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| Seed | GUGUUUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GACCAUGGAUCUACAAAUACAGUGUUGUCACCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAAACUUCAAUGCAAAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUAUACUGAUGGCUGCAGGUGAUCAACGGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GACCAUGGAUCUACAAAUA--| UG C A UAAACUUC CAGUGU UCA CCAUAAAGUAG AAGCACUAC A GUCAUA AGU GGUAUUUCAUC UUUGUGAUG A GGCAACUAGUGGACGUCGGUA^ UG A C UGAAACGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gmo-Mir-142-P4-v4_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0044045 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAUAAAGUAGAAAGCACUAC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Gmo-Mir-142-P4-v4_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0044046 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- AGUGUUUCCUACUUUAUGGAUG -64
Get sequence
|
