| MirGeneDB ID | Ete-Mir-505 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-505 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-505-v1 Cfa-Mir-505-v1 Cja-Mir-505 Cpo-Mir-505-v1 Dno-Mir-505-v1 Eca-Mir-505-v1 Hsa-Mir-505-v1 Laf-Mir-505-v1 Mml-Mir-505-v1 Mmr-Mir-505-v1 Mmu-Mir-505-v1 Ocu-Mir-505-v1 Pab-Mir-505-v1 Rno-Mir-505-v1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (echTel2) |
JH980367: 5183544-5183602 [+] UCSC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-505-v1) |
Mir-505-v1
JH980367: 5183544-5183602 [+]
UCSC
Mir-505-v2 JH980367: 5183544-5183602 [+] UCSC |
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| Variant | Ete-Mir-505-v1 |
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| Seed | GGAGCCA | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGCCGGUAGGACAUUGAUGCGCCCAGUGGGGGAGCCAGGAAGUAUUGAUGUUUCCGCCAGUUUAGCAUCAACAUUUGCUGCUUUCCUCUCUGGAGCAUCGCCAAGUGCAUGGAUUUUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUGCCGGUAGGACAUUG---| GC U C G A UCCGC AUGC CCAG GGGGGAG CAG AAGU UUGAUGUU \ UACG GGUC CUCCUUU GUC UUUA AACUACGA C CUUUUAGGUACGUGAACCGC^ A- U C G C UUUGA 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ete-Mir-505-v1_5p (predicted) |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGAGCCAGGAAGUAUUGAUGUU -23
Get sequence
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| Co-mature sequence | Ete-Mir-505-v1_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CAUCAACAUUUGCUGCUUUCCUC -59
Get sequence
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| Variant | Ete-Mir-505-v2 |
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| Seed | GGAGCCA | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGCCGGUAGGACAUUGAUGCGCCCAGUGGGGGAGCCAGGAAGUAUUGAUGUUUCCGCCAGUUUAGCAUCAACAUUUGCUGCUUUCCUCUCUGGAGCAUCGCCAAGUGCAUGGAUUUUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUGCCGGUAGGACAUUG---| GC U C G A UUCCGC AUGC CCAG GGGGGAG CAG AAGU UUGAUGU \ UACG GGUC CUCCUUU GUC UUUA AACUACG C CUUUUAGGUACGUGAACCGC^ A- U C G C AUUUGA 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ete-Mir-505-v2_5p (predicted) |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGAGCCAGGAAGUAUUGAUGU -22
Get sequence
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| Co-mature sequence | Ete-Mir-505-v2_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AUCAACAUUUGCUGCUUUCCUC -59
Get sequence
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