MirGeneDB ID | Esc-Mir-12498 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-12498 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Hawaiian bobtail squid (Euprymna scolopes) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Npo-Mir-12498 Obi-Mir-12498 Ovu-Mir-12498 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Cephalopoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Cephalopoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (esc-GCA_024364805.1_ASM2436480v1) |
CM044513.1: 85414168-85414228 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGGGAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AACCAAUAUACUGAUUUCCGUUUUAGGAAGUGCCCUUCACAGGUAUCUCCUGGUUUAAUAUGAUGCCCUGGGGAUGCUGUGAAUGGUUAUUUCCUGGAACGGUCGCUAACACCUUUGAUAUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AACCAAUAUACUGAUUU-- -| C G U- UUUAA CCGUUUUAGGAAGU GCC UUCACAG UAUCUCC GG U GGCAAGGUCCUUUA UGG AAGUGUC GUAGGGG CC A UAUAGUUUCCACAAUCGCU U^ U - UC GUAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Esc-Mir-12498_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGCCCUUCACAGGUAUCUCCUGG -23
Get sequence
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Mature sequence | Esc-Mir-12498_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UGGGGAUGCUGUGAAUGGUUAUU -61
Get sequence
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