| MirGeneDB ID | Emu-Mir-2017-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2017 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Muellers freshwater sponge (Ephydatia muelleri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Emu-Mir-2017-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aqu-Mir-2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | E. muelleri | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Demospongiae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_013339895_Emu) |
JABACO010000010.1: 607107-607177 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2017-P1) |
Mir-2017-P1
JABACO010000010.1: 607107-607177 [+]
Mir-2017-P2 JABACO010000010.1: 607107-607177 [+] |
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| Seed | CCUGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGGCCUCCUUGUGGUGUGCACUGGUAAUGAGCACACAGGGCAGAGGUCGUGAUAGAAGGCUCGACAGAGAGCCGUCACUACCUGUGCACCUGUGUGCCCAUUAGCCGGCGCCAUGGGAUUGGACCCUUGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUGGCCUCCUUGUGGUGU- A - A -| G C GAUAGAAGGCUC GC CUGG UAAUG GCACACAGG GCA AGGU GU G CG GGCC AUUAC CGUGUGUCC CGU UCCA CA A GGUUCCCAGGUUAGGGUAC C G C A^ G U CUGCCGAGAGAC . 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Emu-Mir-2017-P1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCACACAGGGCAGAGGUCGU -21
Get sequence
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| Mature sequence | Emu-Mir-2017-P1_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
50- ACCUGUGCACCUGUGUGCCCA -71
Get sequence
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