MirGeneDB ID | Egr-Mir-2160-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2160 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Hydatid worm (Echinococcus granulosus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | egr-mir-10227d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Egr-Mir-2160-P2a Egr-Mir-2160-P2b Egr-Mir-2160-P3 Egr-Mir-2160-P4 Egr-Mir-2160-P5 Egr-Mir-2160-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Gsa-Mir-2160 Pcr-Mir-2160 Sma-Mir-2160 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | E. granulosus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Platyhelminthes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000524195.1_ASM52419v1_Egranulosus) |
APAU02000203.1: 69029-69085 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGUGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAACCGCGAAAGAUGUGGAGUGAGUGAGUGUGGUGCUUGAUCAUACCACUGAUAGACAUGGAUCAGUUGUAUCAUCAAUGCAUCACACUCACUCACGUGAGGCAGCCAGUUCUUGUCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GAACCGCGAAAGAUGUGGA-- -| C C UAGA GUGAGUGAGUGUGGUGC UUGAU AUAC ACUGA C CACUCACUCACACUACG AACUA UAUG UGACU A CUGUUCUUGACCGACGGAGUG U^ C U AGGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Egr-Mir-2160-P7_5p (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0041227 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGUGCUUGAUCAUACCACUGA -22
Get sequence
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Star sequence | Egr-Mir-2160-P7_3p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0041228 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
34- AGUUGUAUCAUCAAUGCAUCACA -57
Get sequence
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