MirGeneDB ID | Efe-Mir-2686-o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2686 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Common brandling worm (Eisenia fetida) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Efe-Mir-2686-o1 Efe-Mir-2686-o3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cte-Mir-2686-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | E. fetida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Sedentaria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Efe_combined) |
Efet.01.406684: 3353-3416 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGAUGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUGGUGUUCGUCGUGGUCUGUCGAGUGCUGGGCUUACACUUGGAACGCCUUCUUGUCCUUCGAAAUUCAGGAAGAUGUUCCUAAUGUAGGCUUCUGCGCUUGACAACGGUCUCACGUCCGAUGCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 AUGGUGUUCGUCGUGGUC- U-| CUU C UGUCCUU UGUCGAGUGC GGGCUUACA GGAACG CUUCU C ACAGUUCGCG UUCGGAUGU CCUUGU GAAGG G CGUAGCCUGCACUCUGGCA UC^ AAU A ACUUAAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Efe-Mir-2686-o2_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGCUUACACUUGGAACGCCUUCU -23
Get sequence
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Mature sequence | Efe-Mir-2686-o2_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- AAGAUGUUCCUAAUGUAGGCUUC -64
Get sequence
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