MirGeneDB ID | Cte-Mir-2686-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2686 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGAUGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cte-mir-2686a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cte-Mir-2686-P1 Cte-Mir-2686-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Efe-Mir-2686-o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. teleta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Annelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_174: 220637-220693 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2686-P2) |
Mir-2686-P1
CAPTEscaffold_174: 220483-220549 [+]
Ensembl
Mir-2686-P2 CAPTEscaffold_174: 220637-220693 [+] Ensembl Mir-2686-P3 CAPTEscaffold_174: 220806-220865 [+] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCAUGGCGACGGACCUUGACCGAUUUGAGUACCUAUAUUGCGAAUCAUCUAUCCUUUCAAAUCGGAAGAUGUUCUCAAUGUAGGCUUCUUAAGUCGCGAUCAAUCUCAGCAUUCAAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCAUGGCGACGGACCUUGAC- UA-| C U A CUUUC CGAUUUGAG CCUAUAUUG GAA CAUCU UC \ GCUGAAUUC GGAUGUAAC CUU GUAGA AG A AAACUUACGACUCUAACUAGC UUC^ U - - GCUAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cte-Mir-2686-P2_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0013535 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACCUAUAUUGCGAAUCAUCUAUC -23
Get sequence
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Mature sequence | Cte-Mir-2686-P2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0013536 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- AAGAUGUUCUCAAUGUAGGCUU -57
Get sequence
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