| MirGeneDB ID | Efe-Mir-2685-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-2685 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Common brandling worm (Eisenia fetida) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Efe-Mir-2685-P1b Efe-Mir-2685-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cte-Mir-2685-P1 Pdu-Mir-2685 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | E. fetida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Pleistoannelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Efe_combined) |
Efet.01.107287: 3378-3440 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2685-P1a) |
Mir-2685-P1a
Efet.01.107287: 3378-3440 [+]
Mir-2685-P2 Efet.01.107287: 5245-5303 [+] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AACUCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUUAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGUUGGAGGUGUUUUCUGAAUUGCGUUAUGUUCACUUCACACAGGCAUAACUCAGUCAGACGCCUGUACUGCACUGUCAAAGGCGUGUCAACACGACUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUUAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNN --| G UUU A C UCACUU GU UG AGGUG UCUGA UUG GUUAUGU \ CG AU UCCGC AGACU GAC CAAUACG C UCAGCACAACUGUGCGGAAACUGUCA UC^ G --- - U GACACA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Efe-Mir-2685-P1a_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAGGUGUUUUCUGAAUUGCGUUAUGU -26
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Efe-Mir-2685-P1a_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UAACUCAGUCAGACGCCUGUA -63
Get sequence
|
