| MirGeneDB ID | Cte-Mir-2685-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2685 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cte-mir-2688 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cte-Mir-2685-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Efe-Mir-2685-P1a Efe-Mir-2685-P1b Pdu-Mir-2685 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Sedentaria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Pleistoannelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_777: 8901-8958 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2685-P1) |
Mir-2685-P2
CAPTEscaffold_777: 8763-8827 [-]
Ensembl
Mir-2685-P1 CAPTEscaffold_777: 8901-8958 [-] Ensembl Mir-281 CAPTEscaffold_777: 24457-24511 [+] Ensembl |
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| Seed | AACUCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCGUGUUAUAUUAUUAUCGGAGUCAGGAUGGCGCUGGUUUUACUGAAGUUGUGGCCAACAAACCUCAUAACUCAGUCAGACCACGCCAUACUGCUCACUUCAAACUGCAUCUAUGUAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCGUGUUAUAUUAUUAUCG---| U G C U A GCCAA GAG CAG AUGGCG UGGUUU ACUGA GUUGUG C CUC GUC UACCGC ACCAGA UGACU CAAUAC A UAUGUAUCUACGUCAAACUUCA^ - A - C - UCCAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cte-Mir-2685-P1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0013540 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCGCUGGUUUUACUGAAGUUGUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cte-Mir-2685-P1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0013541 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAACUCAGUCAGACCACGCCA -58
Get sequence
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