| MirGeneDB ID | Efe-Mir-2685-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-2685 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Common brandling worm (Eisenia fetida) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Efe-Mir-2685-P1a Efe-Mir-2685-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cte-Mir-2685-P2 Pdu-Mir-2685 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Sedentaria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Pleistoannelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Efe_combined) |
Efet.01.107287: 5245-5303 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2685-P2) |
Mir-2685-P1a
Efet.01.107287: 3378-3440 [+]
Mir-2685-P2 Efet.01.107287: 5245-5303 [+] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AACUCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCAAUAGCAGAGGAAUUCUUUCAGUCUUUUCCUGUGAACUCGUCUGUGUUAUAGUCUAUAAUCCUAUAACUCAGUAAGUUCACAUGGUCAAGGUUGGAGCCAUUGCGUCAUCUUAAUUUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UCAAUAGCAGAGGAAUUC-- GU UU -| CGU U AGUCUA UUUCA CUU CC UGUGAACU CUG GUUAU \ GAGGU GAA GG ACACUUGA GAC CAAUA U UUUAAUUCUACUGCGUUACC UG CU U^ AU- U UCCUAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Efe-Mir-2685-P2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCUGUGAACUCGUCUGUGUUAU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Efe-Mir-2685-P2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UAACUCAGUAAGUUCACAUGGUC -59
Get sequence
|
