| MirGeneDB ID | Eca-Mir-935 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-935 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Eca-Mir-935-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cja-Mir-935 Mmr-Mir-935 Pab-Mir-935 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009157.1: 23431175-23431234 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-935-v2) |
Mir-935-v1
CM009157.1: 23431175-23431234 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-935-v2 CM009157.1: 23431175-23431234 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Eca-Mir-935-v2 |
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| Seed | CAGUUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGCUCAAGGCCGGCGGGGGCGCGGGCGGCAGUGGCGGGAGCGGCCCCUCGGCCAUCCUCCGUCUGCCCAGUUACCGCUUCCGCUACCGCCGCCGCUCCCGCUCUAGCUCCCGCUCCAGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUGCUCAAGGCCGGCGG---| C G A CCC C CAUCC GGG GCGG CGGC GUGGCGGGAGCGG CU GGC U CCC CGCC GCCG CAUCGCCUUCGCC GA CCG C CGACCUCGCCCUCGAUCUCG^ U - C AUU C UCUGC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Eca-Mir-935-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGCGGGAGCGGCCCCUCGGC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Eca-Mir-935-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CCAGUUACCGCUUCCGCUACCGC -60
Get sequence
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| Variant | Eca-Mir-935-v1 |
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| Seed | AGUUACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGCUCAAGGCCGGCGGGGGCGCGGGCGGCAGUGGCGGGAGCGGCCCCUCGGCCAUCCUCCGUCUGCCCAGUUACCGCUUCCGCUACCGCCGCCGCUCCCGCUCUAGCUCCCGCUCCAGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUGCUCAAGGCCGGCGG---| C G A CCC C CCAUCC GGG GCGG CGGC GUGGCGGGAGCGG CU GG U CCC CGCC GCCG CAUCGCCUUCGCC GA CC C CGACCUCGCCCUCGAUCUCG^ U - C AUU C GUCUGC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Eca-Mir-935-v1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGCGGGAGCGGCCCCUCGG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Eca-Mir-935-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAGUUACCGCUUCCGCUACCGC -60
Get sequence
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