| MirGeneDB ID | Ebu-Mir-24-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-24 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | E. burgeri | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02009499.1: 1845596-1845653 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-24-P5) |
Mir-24-P5
FYBX02009499.1: 1845596-1845653 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P5 FYBX02009499.1: 1849044-1849106 [-] UCSC Ensembl Mir-23-P5 FYBX02009499.1: 1849196-1849255 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | GGCUCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CACGUCCUGCUUUUUAUGGAUUUGGCUUCUGUGCUACUGAGCUGAUUACAGUCAAUUAUAUACCACUGGCUCAGUUCAGCAGGAACAGAAGAUUGAUCCUCUCCACAAUUAUCCAUCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CACGUCCUGCUUUUUAU-- UGG G-| A UUA CAAUU GGAUU CUUCUGU CU CUGAGCUGA CAGU A CCUAG GAAGACA GA GACUUGACU GUCA U ACUACCUAUUAACACCUCU UUA AG^ C CG- CCAUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ebu-Mir-24-P5_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUGCUACUGAGCUGAUUACAGU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ebu-Mir-24-P5_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UGGCUCAGUUCAGCAGGAACAG -58
Get sequence
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