| MirGeneDB ID | Ebu-Mir-142 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-142 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Pma-Mir-142-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02010728.1: 1342342-1342400 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-142-v1) |
Mir-142-v4
FYBX02010728.1: 1342340-1342402 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-142-v1 FYBX02010728.1: 1342342-1342400 [-] UCSC Ensembl Mir-142-v2 FYBX02010728.1: 1342342-1342400 [-] UCSC Ensembl Mir-142-v3 FYBX02010728.1: 1342342-1342400 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Ebu-Mir-142-v1 |
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| Seed | AUAAAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGUCAUUGCUGGUGGACAGUGCAGUUAUCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAGGCCUCUCUCCAAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUAAGUGUACUGUGAUCUACAGACCCGACAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAGUCAUUGCUGGUGGA--| G A UAGGCCUC CAGUGCA UUAUCCAUAAAGUAG AAGCACUAC \ GUCAUGU AAUAGGUAUUUCAUC UUUGUGAUG U AACAGCCCAGACAUCUAGU^ G C UGAACCUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ebu-Mir-142-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACU -21
Get sequence
|
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| Star sequence | Ebu-Mir-142-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -59
Get sequence
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| Variant | Ebu-Mir-142-v2 |
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| Seed | UAGUGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGUCAUUGCUGGUGGACAGUGCAGUUAUCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAGGCCUCUCUCCAAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUAAGUGUACUGUGAUCUACAGACCCGACAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAGUCAUUGCUGGUGGA--| G A UAGGCCUC CAGUGCA UUAUCCAUAAAGUAG AAGCACUAC \ GUCAUGU AAUAGGUAUUUCAUC UUUGUGAUG U AACAGCCCAGACAUCUAGU^ G C UGAACCUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ebu-Mir-142-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACUA -22
Get sequence
|
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| Mature sequence | Ebu-Mir-142-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GUAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -59
Get sequence
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| Variant | Ebu-Mir-142-v3 |
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| Seed | GUAGUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGUCAUUGCUGGUGGACAGUGCAGUUAUCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAGGCCUCUCUCCAAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUAAGUGUACUGUGAUCUACAGACCCGACAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CAGUCAUUGCUGGUGGA--| G A UAGGCCUC CAGUGCA UUAUCCAUAAAGUAG AAGCACUAC \ GUCAUGU AAUAGGUAUUUCAUC UUUGUGAUG U AACAGCCCAGACAUCUAGU^ G C UGAACCUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ebu-Mir-142-v3_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACUAG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Ebu-Mir-142-v3_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -59
Get sequence
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| Variant | Ebu-Mir-142-v4 |
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| Seed | CCAUAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCAGUCAUUGCUGGUGGACAGUGCAGUUAUCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAGGCCUCUCUCCAAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUAAGUGUACUGUGAUCUACAGACCCGACAAUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCCAGUCAUUGCUGGUGG--| G A UAGGCCUC ACAGUGCA UUAUCCAUAAAGUAG AAGCACUAC \ UGUCAUGU AAUAGGUAUUUCAUC UUUGUGAUG U GUAACAGCCCAGACAUCUAG^ G C UGAACCUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ebu-Mir-142-v4_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCCAUAAAGUAGAAAGCACUAC -22
Get sequence
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| Star sequence | Ebu-Mir-142-v4_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- AGUGUUUCCUACUUUAUGGAUA -63
Get sequence
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