| MirGeneDB ID | Pma-Mir-142 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-142 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ebu-Mir-142-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NW_022638250.1: 104350-104408 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-142-v1) |
Mir-142-v1
NW_022638250.1: 104350-104408 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-142-v2 NW_022638250.1: 104351-104407 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Pma-Mir-142-v1 |
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| Seed | UAGUGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCCGCCGCCCCCAGCCACAGUGAAGCCGUCCAUAAAGUAGGAAGCACUACUGGCGCAAUGAUGCGGUGUAGUGUUUCAUACUUUAUGGACGACUGCGCUGAGAUCGACCGGACUCGCCGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCCGCCGCCCCCAGCCA--| A C G UGGCGCAA CAGUG AG CGUCCAUAAAGUA GAAGCACUAC \ GUCGC UC GCAGGUAUUUCAU CUUUGUGAUG U GCCGCUCAGGCCAGCUAGA^ G A A UGGCGUAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pma-Mir-142-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGGAAGCACUACUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Pma-Mir-142-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GUAGUGUUUCAUACUUUAUGGA -59
Get sequence
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| Variant | Pma-Mir-142-v2 |
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| Seed | GUAGUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCGCCGCCCCCAGCCACAGUGAAGCCGUCCAUAAAGUAGGAAGCACUACUGGCGCAAUGAUGCGGUGUAGUGUUUCAUACUUUAUGGACGACUGCGCUGAGAUCGACCGGACUCGCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCGCCGCCCCCAGCCAC--| A C G UGGCGCAA AGUG AG CGUCCAUAAAGUA GAAGCACUAC \ UCGC UC GCAGGUAUUUCAU CUUUGUGAUG U CCGCUCAGGCCAGCUAGAG^ G A A UGGCGUAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pma-Mir-142-v2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUAAAGUAGGAAGCACUACUGG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Pma-Mir-142-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UGUAGUGUUUCAUACUUUAUGG -57
Get sequence
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