| MirGeneDB ID | Ebu-Mir-140-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-140 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ebu-Mir-140-P3-v1 Ebu-Mir-140-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Pma-Mir-140-o3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | E. burgeri | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02009326.1: 825017-825077 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-140-P3-v2) |
Mir-140-P3-v1
FYBX02009326.1: 825017-825077 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-140-P3-v2 FYBX02009326.1: 825017-825077 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Ebu-Mir-140-P3-v2 |
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| Seed | ACCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAUCUUGAGUCGCACUGUGUGGCGCCUUCCAGUGGUUUUUCCCUAUGGUAGGUUGGAUUUGCUUGUCUACCACAGGGUAGAACCACGGACGGGAGCUGUGCAAGGCCCUCUGCAAAAGGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAAUCUUGAGUCGCACU-- UG G -| A U A UUGGAU G UGGC CCU UCC GUGGUUUU CCCU UGGUAGG \ C GUCG GGG AGG CACCAAGA GGGA ACCAUCU U AGGAAAACGUCUCCCGGAA GU A C^ - U C GUUCGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ebu-Mir-140-P3-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGUGGUUUUUCCCUAUGGUAGG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Ebu-Mir-140-P3-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UACCACAGGGUAGAACCACGGAC -61
Get sequence
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| Variant | Ebu-Mir-140-P3-v1 |
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| Seed | AGUGGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAUCUUGAGUCGCACUGUGUGGCGCCUUCCAGUGGUUUUUCCCUAUGGUAGGUUGGAUUUGCUUGUCUACCACAGGGUAGAACCACGGACGGGAGCUGUGCAAGGCCCUCUGCAAAAGGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAAUCUUGAGUCGCACU-- UG G -| A U A GUUGGAU G UGGC CCU UCC GUGGUUUU CCCU UGGUAG \ C GUCG GGG AGG CACCAAGA GGGA ACCAUC U AGGAAAACGUCUCCCGGAA GU A C^ - U C UGUUCGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ebu-Mir-140-P3-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGUGGUUUUUCCCUAUGGUAG -22
Get sequence
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| Co-mature sequence | Ebu-Mir-140-P3-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- ACCACAGGGUAGAACCACGGAC -61
Get sequence
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