MirGeneDB ID | Eba-Mir-12590 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-12590 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Epimenia (Solenogaster) (Epimenia babai) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-12590 Mom-Mir-12590 War-Mir-12590-P1a War-Mir-12590-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Aculifera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Aculifera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_011762755.2_ASM1176275v2_Epimenia) |
WURV02041744.1: 1780-1840 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUGGCGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUACAAAAAUACAGACUGACACUCGCCUACCCCUUCCUUUUCUCGCCAGGUGGCGCAUUUCGAAAUUCUUCUGGCGGGCGAAGAAAGAGGCGGGCGUUCUGUCAUGUUCACCAGAGCGAAGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AUACAAAAAUACAGACU- CU-| UA C C U UGGCGCAUU GACA CGCC CC CUU CUUU CUCGCCAGG \ CUGU GCGG GG GAA GAAG GGGCGGUCU U GAAGCGAGACCACUUGUA CUU^ GC A A C UCUUAAAGC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Eba-Mir-12590_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCCUUCCUUUUCUCGCCAGGUGG -23
Get sequence
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Mature sequence | Eba-Mir-12590_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UCUGGCGGGCGAAGAAAGAGGC -61
Get sequence
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