| MirGeneDB ID | Dpu-Novel-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | DPU-NOVEL-3 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Common water flea (Daphnia pulex) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | D. pulex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | D. pulex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Daphnia_pulex.V1.0) |
DAPPUscaffold_87: 490784-490839 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-3) |
Mir-96-P3
DAPPUscaffold_87: 475620-475711 [+]
Ensembl
Mir-96-P2-v1 DAPPUscaffold_87: 475817-475879 [+] Ensembl Mir-96-P2-v2 DAPPUscaffold_87: 475818-475878 [+] Ensembl Novel-3 DAPPUscaffold_87: 490784-490839 [+] Ensembl |
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| Seed | ACAUAAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUAGGAUGGUGGAUAAGCGUUCUAUGAUGCACAUAAUUUCGAAUGACUGGAUUGUAAUUUUCCCAUUCGUUCGAAAUUGUGACCAUCAUAUUGCGGUUUUUCACUAUCAUCUACGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCUAGGAUGGUGGAUAAG--| UC CA C AUUGU CGU UAUGAUG CAUAAUUUCGAAUGA UGG A GCG AUACUAC GUGUUAAAGCUUGCU ACC A GCAUCUACUAUCACUUUUUG^ UU CA U CUUUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dpu-Novel-3_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CACAUAAUUUCGAAUGACUGG -21
Get sequence
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| Star sequence | Dpu-Novel-3_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- AUUCGUUCGAAAUUGUGACCA -56
Get sequence
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